食品安全問題主要集中在以下幾個方面:微生物性危害、化學性危害、生物毒素、食品摻假以及基因工程食品的安全性問題，這也是國際社會普遍關注的。這些食品安全問題通常表現為食源性疾患。食源性疾患是通過攝食而進入人體的有毒有害物質(包括生物性病原體)所造成的食物中毒、腸道傳染病、人畜共患傳染病、寄生蟲病等疾病。
在強調從農田到餐桌的安全評估控制管理體系下，過程分析可以較全面反映食品安全所涉及的危害。現代社會的快速發展在給人們帶來豐富、高產的農產品同時，農產品種植養殖生長過程中使用農藥、化肥、獸藥等也給食用這些農產品的人類健康造成危害。農作物采收、存儲或運輸不當，發生霉變或微生物污染；食品加工、存儲或運輸不當，造成食品添加劑、重金屬、微生物等污染，和/或發生食品腐敗變質，都是食品安全的危害點。
全世界每年都有大量的農藥施用于農作物。中國也是世界上農藥生產和消費量較高的國家，由于多施和不按規定要求濫用農藥，我國每年因農藥而引起的食物中毒事件屢屢發生，特別是蔬菜中有機磷農藥中毒。蔬菜中有機磷農藥被人體吸收后，通過血液運到全身各個臟器，有機磷農藥中毒后主要表現為出汗、肌肉顫動、心跳加快、瞳孔縮小等，嚴重的可導致中樞神經系統功能失常。我國有機磷農藥殘留超出國家標準的現象較為突出。目前，國內蔬菜中農藥殘留快速檢測方法得到了廣泛重視和應用，幾種常用農藥殘留快速檢測方法也已制定為國家標準推薦方法。
我國每年大量、超量或不合理地使用化肥于農作物上，使化肥在土壤中的殘留越來越嚴重，肥料施用不當、濫用化肥生產的蔬菜對人類健康的威脅并不亞于在蔬菜上殘留的農藥。硝酸鹽本身并沒有毒，但在人的口腔和胃腸中會在細菌的作用下還原為亞硝酸鹽。當食品中亞硝酸鹽大量聚集則可能引起中毒，長期攝入，可誘發消化道系統癌變，如胃癌、腸癌。流行病學試驗已經證明，硝酸鹽和亞硝酸鹽與食品中固有的胺類化合物是致癌物亞硝胺的前體物質，亞硝胺的誘癌時間隨人體攝入量增多而縮短。由于偏施氮肥，我國蔬菜硝酸鹽污染問題已相當嚴重，特別是葉菜類蔬菜，人體攝入的硝酸鹽85%~90%來自蔬菜。1973 年FAO/WHO就制定了硝酸鹽和亞硝酸鹽的每日允許攝入量( Acceptable Daily Intake ，ADI)，分別為3. 6mg/kg體重和0.13mg/kg體重；1995 年FAO/WHO食品添加劑聯合專家委員會(JECFA) 重新制定了硝酸鹽和亞硝酸鹽的ADI值，分別為0~3. 7NOmg/kg體重和0~0.06 mg/kg體重(JECFA， 1995)。 而1995年歐洲(EC)食品科學委員會(SCF)制定了硝酸根離子ADI值為3.65 (相當60kg體重的人219mg/d)。 按照FAO/WHO的ADI標準計算，中國大部分地區蔬菜中硝酸鹽污染已相當嚴重。國家正在制定蔬菜中硝酸鹽限量標準，以保障消費者的食用安全，同時也可以間接起到種植過程合理施用化肥的推動作用。
為了預防和治療家畜和養殖魚患病而大量投入抗生素、磺胺類等化學藥物，往往造成藥物殘留于食品動物組織中，國內外發生的因獸藥殘留不安全引起的消費者中毒事件，增加了消費者對所食用畜產品的擔憂和關注。獸藥殘留既包括原藥，也包括藥物在動物體內的代謝產物。在食品中由于藥物本身的副反應或耐藥性細菌種群的增長，將增加潛在健康安全問題。目前氯霉素等抗生素獸藥殘留是歐盟各國對我國檢驗檢疫的重點。近年，在我國由于鹽酸克倫特羅(“瘦肉精”)興奮劑可以使畜禽產生足夠的瘦肉而被用在動物體內，從而使很多攝入殘留“瘦肉精”的消費者引起中毒反應，產生心跳過快，心慌，不由自主顫抖、雙腳站不住，心悖胸悶，四肢肌肉顫動，頭暈乏力等神經中樞中毒后失控的現象，嚴重者甚至死亡。鹽酸克倫特羅中毒潛伏期一般為20min到4h，慢性特點會導致兒童性早熟。FDA,WHO制定畜產品中鹽酸克倫特羅的最高殘留限量是肉、肝臟、腎、脂肪和奶分別為0.2μg，0.6μg，0. 6μg， 0. 2μg，O.05μg。
金屬污染對食品安全性的影響非常重要，它屬于化學物質污染的重要內容之一，人們較早就對金屬的食品安全性問題加以了重視。據分析，重金屬污染以鎘最為嚴重，以糧食作物多見，其次是汞、鉛等，非金屬砷的污染也不可忽視。多數金屬在體內有蓄積性，半衰期較長，能產生急性和慢性毒性反應，可能還會有致畸、致癌和致突變的潛在危害。目前，我國兒童金屬鉛污染較為嚴重。
毒素是目前極為重視的安全問題。毒素主要表現在自然毒素，如貝類毒素和真菌毒素。貝類毒素不易被加熱所破壞，所以其危害性是相當大的。主要的貝類毒素包括麻痹性貝類毒素(paralytic shellfish poison, PSP)、腹瀉性貝類毒素(diarrhetic shellfish poison, DSP)。PSP毒素存在于世界范圍之內，現已在鮐魚內臟中，龍蝦及許多蟹類中也發現了PSP毒素。PSP毒素會引起神經系統的疾病，包括顫抖、興奮及唇舌的灼痛和麻木感，嚴重時會導致呼吸系統麻木以致死亡。DSP毒素目前在加拿大東岸、亞洲、智利、新西蘭、歐洲等地區發現，可引起輕微的胃腸疾病，但它不是一種可致命的毒素。我國浙江、福建、廣東等地曾多次發生貝類中毒，中毒癥狀主要表現為突然發病、唇舌麻木、肢端麻痹、頭暈惡心、胸悶乏力等，部分病人伴有低燒，重癥者則昏迷，呼吸困難，最后因呼吸衰竭窒息而死亡。導致中毒的是蚶子、花蛤、香螺、織紋螺等常食用的貝類。真菌存在于大多數的農產品中，真菌毒素直接或間接進入食物鏈導致動植物食品受到毒素污染。在眾多的真菌毒素中，黃曲霉毒素是眾所周知的最危險的毒素之一，是一種強致癌物。黃曲霉毒素常發生在花生、堅果等糧油類食品及其制品中，近年來我國頻繁出現“毒大米”事件，即為黃曲霉毒素污染事件。所以，日前我國加大了對糧油食品的監督抽查力度，同時食品中玉米、花生及其制品中黃曲霉毒素含量成為歐盟各國對我國檢驗檢疫的重點之一。為適應國內和國際形勢要求，選擇適當可行的方法檢驗黃曲霉毒素是當務之急。
生物技術產品的出現同樣帶來了安全性問題。如今，轉基因食品早已擺上了人們的餐桌，比如人們大量食用的番茄，甜椒，大豆粉、大豆油等大豆制品。盡管目前還沒有足夠的證據證明轉基因食品對人體有害，但有關轉基因食品安全性引起人們的密切關注。目前人們所擔憂的是轉基因食品對人體健康的風險，轉基因產品是否對人類無毒、無副作用，轉基因產品與非轉基因產品是否“實質等同”、無顯著差異。由于生物技術產業高技術工程產品的安全性問題還不確定，較為一致的觀點是生物技術產品對人類的健康和生態環境具有潛在風險。各國政府對轉基因產品的態度和政策不同，美國、加拿大等國大量生產轉基因產品，因而竭力支持其發展；歐盟各成員國、日本、澳大利亞、新西蘭等國家以立法或其他形式要求出口國對轉基因產品加貼標簽，以保護消費者對產品是否含轉基因成分的知情權，或以其他方式限制轉基因產品的進口；歐盟管理基因改造產品銷售與生產的法案，已于2001年由歐洲議會通過，該法案嚴格規定轉基因食物、飼料、種子與藥物的標識與監控。2002年5月9 日我國政府發布了《農業轉基因生物安全管理條例》，2002年1月5日我國農業部發布了《農業轉基因生物標識管理辦法》、《農業轉基因生物安全評價管理辦法》和《農業轉基因生:物進口安全管理辦法》三個管理辦法，2002年4月8日衛生部發布了《轉基因食品衛生管理辦法》。
另外，無知或違法摻假如甲醛、雕白塊、增白劑以及過量添加防腐劑、著色劑等，也是食品安全重要的問題。美國FDA于2002年2月11日生效了一項法規(section 417)，進口到美國的食品必須注冊，以防止出口國產品的不純、摻假。隨著新型的食品加工工藝、加工器具、包裝材料等的應用，也給食品安全提出了新的問題，新食品的生產、流通、準備和攝入方式的改變使確保其安全面臨新的挑戰。
針對食品安全性存在的這些問題，對影響食品安全質量的有害物質進行快速測定日益重要起來。加強對現代食品安全的檢驗檢疫、監督檢測、質量控制，通過檢驗食品中有害物質含量，以保證食品安全、無毒。目前理想的準確、可靠、方便、快速、經濟、安全檢驗方法是保障消費者身體健康的必不可少的重要措施。
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